El gobierno de Irán permite que algunas iglesias registradas funcionen con libertad limitada. Estas son las históricas iglesias ortodoxas armenias y asirias. Han servido a sus propios grupos étnicos y han sido un testimonio fiel en Irán durante siglos. Estas comunidades cristianas son toleradas en parte porque son parte del antiguo tejido de la sociedad, pero principalmente porque adoran en sus propios idiomas, en lugar del idioma nacional persa (farsi). Por lo tanto, es poco probable que conviertan a musulmanes iraníes de habla persa. Antes de 1979, un par de docenas de iglesias protestantes también se habían registrado con el gobierno. Sus reuniones se realizaban en persa y por lo tanto los musulmanes iraníes podían asistir y entender los servicios. Después de la revolución, estas iglesias fueron sometidas a una presión creciente para cesar sus actividades. Hoy casi todas las iglesias protestantes han sido obligadas a cerrar sus puertas. Las pocas que aún tienen permiso para operar son pequeñas y están vigiladas de cerca.